No existe una única forma, un método cerrado, para aplicar un enfoque de Indagación Apreciativa dirigido a la mejora de una organización. En su formulación original presentaba tres fases, luego cuatro y actualmente se añade una fase suplementaria de carácter preliminar. Se describen aquí brevemente, optando por denominaciones un poco diferentes de las originales, para hacerlas más comprensibles. Es importante tener presente que son sólo orientativas, de modo que, en el marco de cada proceso, de cada organización, pueden considerarse las variantes que se estimen pertinentes.